由于合同诈骗罪的主观方面以及客观行为具有的一定特殊性，造成司法实践中对该罪证据的审查和运用的难度都非常之大，突出问题有：

1、言词证据多，但其真实性有待评断。涉案人、知情人一般较多，一旦案发，侦查机关容易收集到较多的言词证据。由于个体知识水平，感知能力以及私心顾虑等因素的影响，这些言词证据常常出现与客观事实存在一定差异的情况，给审查和运用证据带来了极大的困难。

2、证据分散，收集审查不全面。由于通讯、网络技术的飞速发展，合同诈骗罪呈现出涉案地点越来越广泛，案件证据越来越分散的趋势，容易导致证据收集不全面，难以形成完整的证据锁链的问题。

3、犯罪主观方面证据固定难。在实践中，大多数合同诈骗案的犯罪嫌疑人会声称其没有非法占有的目的，以经济纠纷来为自己开脱罪责；而仅从书证等间接证据又难以认定行为人是否有履行合同的诚意；导致了对合同诈骗罪行为人主观方面的证据不容易收集和认定。

4、忽略对无罪证据的审查。在司法实践中，合同诈骗犯罪与合同欺诈乍一看去非常相似，难以区分。而有的辩护律师长期养成了“重打击、轻保护”的意识，对这类界限模糊的案件习惯作有罪推定，只注重对有罪证据的收集审查，而常常忽略无罪证据和犯罪嫌疑人辩解。

5、专业知识缺乏，无法厘清犯罪证据。当合同诈骗犯罪行为与民事行为交织在一起时，由于对民商事知识的缺乏，办案人员有时甚至不能从纷繁复杂的文书、票据中清理审查出刑事诉讼所需的证据，更无法运用证据证明犯罪事实。

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