1、标准制定的主体存缺陷，未包括最高人民法院。《最高人民检察院、公安部关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定（二）》的制定主体为公安部和最高人民检察院，而不包括最高人民法院，是为制定主体缺陷。经济犯罪立案数额标准应是定罪量刑的最低数额标准，人民法院是唯一的法定的定罪量刑机关，任何违法行为未经人民法院裁判不为罪，因而，立案数额标准的制定主体仅限于只有侦查和起诉权限的公安机关和检察院而不包括人民法院，往往会造成立案数额标准和最低定罪量刑数额标准的不一致，以致立案追诉与定罪量刑相脱节，导致犯罪案件的错立或漏立。

2、标准制定的方法欠科学，未开门立法纳民意。《最高人民检察院、公安部关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定（二）》在制定过程中虽认真听取了各地公安机关检察机关的意见并吸收相关行政、司法、立法部门的意见和建议，但未开门立法广泛听取各阶层民众和相关市场经济主体的意见，未能保证制定的标准最大程度地符合客观实际，因而民意基础不够，制定方法欠科学。

3、部分犯罪的数额标准欠精准，未及时修改。部分经济犯罪的立案数额标准欠精准，应当修改而未予修改。如：单位进行集资诈骗的立案数额为50万，但司法实践中通常认定数额巨大的标准也是50万，形成立法和实践相脱节的矛盾；合同诈骗罪的立案数额从5000元提高至20000元，但与之相对应的数额巨大、数额特别巨大的标准却没有修改，造成立案数额标准和量刑数额标准的混乱。

4、相近犯罪的立案数额标准欠平衡，类似犯罪不同标准。《最高人民检察院、公安部关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定（二）》对性质相同或相近类似犯罪的立案数额标准设置各异，欠缺平衡，导致类似犯罪定罪量刑不同，评价处罚不公，有违罪刑相当原则。如：有关诈骗犯罪案件中，除对合同诈骗罪的立案标准从5000元上调至20000元外，其他诈骗犯罪如集资诈骗、保险诈骗等犯罪的立案数额标准均未予修改；诈骗罪与合同诈骗罪的立案数额标准差距甚大，诈骗罪的立案数额标准为4000元，而合同诈骗罪的立案数额标准则为20000元；本质属性同为盗窃的盗窃罪和贪污罪，前者的立案数额为2000元，而后者为5000元；盗窃罪仅是单纯的侵财犯罪，而贪污罪在侵财之外还侵犯了职务行为的廉洁性，盗窃个人财产的盗窃罪远比盗窃国家财产的贪污罪社会危害性轻，但其立案数额标准更低，社会危害性的评价更重。

5、立案数额标准全国统一，未考虑地区差异的可行性。最高检和公安部在印发《最高人民检察院、公安部关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定（二）》的实施通知中，明确要求各级检察机关和公安机关遵照执行，实行立案数额标准全国统一。该标准，虽有利于法治的统一，但忽视了社会经济条件的地区差异性。我国幅员辽阔，地区社会经济条件差别大，发展不平衡，特别是在南方与北方、东部与西部、沿海与内地、特区与其他地区之间更为突出。因此，法律明文规定一个固定数额而不论区域间的差异，显然是不合适的。

6、犯罪立案数额标准存在司法可操作性和规范的稳定性之间的矛盾。《最高人民检察院、公安部关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定（二）》对立案数额标准规定具体、明确、易于操作，但是存在难以适应社会经济条件发展变化而易僵化的缺陷。社会经济条件发展变化，必然导致具体犯罪数额所体现的社会危害性程度发生改变，因而，立案数额标准亦应随着变化而变动。