在普通合同的缔结过程中，有的合同当事人并没有实施欺骗行为，只是由于在标的物的质量、品种、包装，交接货时间、地点、运费支出等方面与对方当事人存在争议或由于发生不可抗力等事由引起经济纠纷。实践中，民事欺诈引起的经济纠纷与合同诈骗罪难以区分。具体到司法实践中，该问题已经转化为：如何认定合同诈骗犯罪行为人非法占有的主观故意。犯罪嫌疑人往往提出，本案只是一般的经济纠纷，其主观上没有非法占有的故意，并愿意偿还被害人，但因经济困难、公安介入而无法履行；辩护律师也往往以“被告人已经部分偿还被害人”为由，认为被告人没有非法占有故意，并不构成犯罪。合同诈骗案件一般都公开审理，类似辩护意见往往会引起缺乏相关法律知识的旁听群众的争议，不但影响庭审效果，而且可能造成负面的社会效应。

鉴于刑事推定具有主观任意性，不同的办案人员面对同样的基础事实会得出不同的结论。现行刑事诉讼模式对刑事推定适用作了限制，要求推定的结论必须是排除合理怀疑的、唯一的，这就必须允许被告人进行辩解。不同的诉讼结构和价值取向，直接影响到刑事推定的适用。在实行对抗式诉讼模式、鼓励抗辩的英美国家，刑事推定适用得较为广泛。但在我国现阶段，刑事诉讼法律中并无具体适用刑事推定规则的具体方法的规定。

司法实践部门在处理合同诈骗案件时遇到的最棘手的问题，就是如何认定行为人具有“非法占有目的”。运用刑事推定规则认定行为人是否具有非法占有的目的，不仅要遵循刑事推定的基本规则与方法，而且还要符合诈骗案件本质特征，并针对案件的不同特点，进行整体综合判断，这才能准确地认定行为人的主观意图。能否科学地适用刑事推定的方法理论至关重要。